Drugi mechanizm związany jest z wczesnym organicznym uszkodzniem centralnego systemu nerwowego. W tej sytuacji opóźniony jest rozwój nawyków ruchowych w dzieciństwie (siedzenie, stanie, chodzenie) i pozostaje trwałe kalectwo niezręczności ruchowej. Zaburzenie w sferze motorycznej szczególnie wyraźnie odbija się na systemie mownym. Jąkanie u takich dzieci przejawia się już od początku wykształcania mowy (przejawia, a nie pojawia).Wymienione dwa mechanizmy wymagają dwóch różnych podejść terapeutycznych, innego rodzaju angażowania świadomości chorego. W pierwszym przypadku udział świadomości własnych możliwości artykuiacyjnych znacznie hamuje postępowanie reedukacyjne, dodatkowo stresuje chorego, aktywizując jego uwagę na prawidłowej artykulacji, co prowadzi do wzmożonego napięcia mięśniowego i błędnego koła kolejnych skurczów.
